1、不管大学还是研究所，实力都有差异，条件千差万别，要具体对象具体分析。一般国家级的研究所条件自然好过省级的研究所，专业的科研院所的专业基础设施要好过普通综合类大学，但985院校的大学通常硬件设施更好，而一些综合大学设立的国家级实验基地也是设施一流。
2、综合类大学的优势是其综合性，包括文化氛围、教学氛围等等，因为文理交流较多，所以气氛相对宽松；而研究院所专业性强，学术气氛相对较浓，而人文情怀（主要是理工类的研究所）相对差一点。

我应该今年大四毕业，因为一门课没过，明年7月才能拿到学位证。那今年能不能报考中科大研究生？

如果是拿结业证书，要以同等学力考生的身份报考。

例如南京大学的报考条件中：a.国家承认学历的应届本科毕业生；b.具有国家承认的大学本科学历的人员；c. 国家承认学历的同等学力考生（这类考生须以第一作者身份在全国中文核心期刊发表过与报考专业相关的研究论文），包括本科结业生、成人高校应届本科毕业生、获得高职高专毕业证书后经两年或两年以上（从高职高专毕业到录取为硕士生当年的9月1日，下同）达到与大学本科毕业生同等学力的人员；d.已获硕士学位或博士学位的人员，可以再次报考委托培养或自筹经费的硕士生。

你属于C类，本科结业。。需要在中国核心期刊发表文章。