清政府推行“新政”教育改革的重要内容是废科举，办学堂，派留学。1901年9月4日，清政府命令各省城书院改成大学堂，各府及直隶州改设中学堂，各县改设小学堂，并多设蒙养学堂。12月5日，颁布学堂科举奖励章程，规定学堂毕业生考试后可得进士、举人、贡生等出身。1902年2月13日公布推广学堂办法。8月15日颁布《钦定学堂章程》。1904年1月13日又颁布《重订学堂章程》，详细规定了各级学堂章程及管理体制，以法令形式要求在全国推行。与普通学堂并行的还有专业教育，包括师范学堂及各类实业学堂，在学制上自成系统，一套完整的学校制度随之建立。1905年9月2日，光绪皇帝诏准袁世凯、张之洞奏请停止科举，兴办学堂的折子，下令“立停科举以广学校”，使在中国历史上延续了1300多年的科举制度被最终废除，科举取士与学校教育实现了彻底的脱钩。12月6日，清廷下谕设立学部，为专管全国学堂事务的机构。清政府在推行“新政”过程中，把“奖游学”与“改学堂，停科举”并提，要求各省筹集经费选派学生出洋学习，讲求专门学业。对毕业留学生，分别赏给进士、举人等出身。对自备旅费出洋留学的，与派出学生同等对待。为统一管理留学生工作，清政府分别在1902年10月31日和1906年10月2日派出总监督赴东洋和欧洲。