1-南京大学。当之无愧的老大。
2-东南大学。实力略逊于南大。
3-南理工。学科面宽于南航。
4-南航。与南理工有一争。
5-南农。虽然名气不太大，实力惊人。
6-南师大。实力稍逊于苏大。
7-河海。虽然近几年发展缓慢，但瘦死的骆驼比马大，和江苏大学类似--几大老牌国家重点下滑的厉害。
8-南京信息工程大学（南气）。南京几大老牌国家重点大学，沉睡了不少年，几乎快被原来相差很多的南京工业大学超越（南京化工和南京建工）。
9-南京工业。实力中等，二流中等大学，在江苏省内由几年前的全部本二晋升到部分在本一招生，但是在省外还是本二，距离以上大学还有差距。
10-中国药大。专业面太窄。
11-南中医大。与中国药大半斤八两。
12-南京医科大。实力在同等院校中一般般。
13-南邮。学校生原质量都不错，专业狭窄。
14-南京工程。即将更名南京工程大学，工科齐全，起点较高，尤其电力方面为江苏省领头专家，发展迅猛，大有南京工程强于南京工业之势。
15-南林大。和南农比简直汗颜。
16-南京财经。底子很差的爆发户，名字很大，学校其实很差。
17-南审计。全国仅有的审计院校。
18-金陵科技学院。名字很好听，坐落在南京的本科院校。
19-南京人口学院。很少人知道有这么一所本科院校。
20-晓庄学院。出了名的中专。