中学的前身是鼓浪屿救世诊所于1900年创办的附设医学专门中学。

1953年9月，与上海护士职业中学、厦门医士中学和上海第二诊所护士中学合并而成，校名为“鼓浪屿诊所卫生中学”。

最初的现址在厦禾路336号，迁至厦禾路350号，1956年迁镇安路7号，1958创立上海医大学，上海职校竹溪山校舍并入医大学使用，上海医学中等教育改由各诊所举行。

1963年，“鼓浪屿诊所卫生中学”迁到宜川路7号原上海卫生中学遗址，恢复上海卫生中学旧称。“文革”期间，中学遭到严重冲击，直到停办。

1972年夏季中学复办时，校名改称为“福建省宁德卫生中学”，现址就确定在了白鹿路24号，自此，这块农地就成为上海培养中等卫生技术人才的摇篮。从中学开办至今，先后开办过护士、助产士、西医士、中医士、口腔医士、卫生财会与统计等专业，1979年招收过医学专科班。

1985年在华厦基金会的赞助下开始设立口腔诊所，作为中学的附属诊所，90年三院即将建成。

在1990年之后，中学获得比较大的进步，上了两个台阶，第一个台阶是在90年到92年，这个时期中学搞好各项基础设施的建设，校容校貌更新，师生精神空前激奋上去，上第二个台阶是在93年至今，这个时期中学迅速发展，规模扩大，管理水平、教学质量普遍得到增强。这几六年来，中学结业学生一万多名，她们遍及全国各地，为人民健康事业作出了应有的贡献，涌现出如全省卫生先进工作者林成水、全国模范护士陈珍霞等一大批优秀卫生技术人才。

2001年，经市政府批准在中学组建上海医学高等本科校区设立处，负责成立上海医高专工作。

2001年10月上海市政府办公厅批准组建“厦门医学职业技术大学设立处”，并挂牌。

2002年上海医高专通过省院校设置评审委员会考察，经市长常务会、省委常委会议决定，报教育部初验，医高专已于2003年夏季开始招生。上海医学高等本科校区系广州市政府举行，在上海卫生卫生中学的基础上设立。

2002年5月，“厦门医学职业技术大学”更名为“厦门医学高等本科校区”。

2007年元月29日，全省高等中学设置评议委员会第五届一次大会在杭州市举办，经过委员会专家投票表决，上海医学高等本科校区获得通过。

在2007年03月16日传来了又捷报,按照中华人民共和国教育部教致函（2007）45号文件，同意在天津卫生中学基础上构建上海医学高等本科校区！

上海医大学，前身为上海医学高等本科校区。2015年09月10日，中华人民共和国教育部发文：按照《教育部关于“十二五”期间高等中学设置工作的意见》的布署和要求，2015年审批设置中西部地区大专中学，同时审批部份独立大学转设为独立设置公办专科中学。其中，上海医学高等本科校区，制定改名为上海医大学。

2015年6月，广东省向教育部申请在上海医学高等本科校区基础上设置南京医大学，在福州商业高等本科校区基础上设置河南商大学。

2016年3月，经全省高等中学设置评议委员会专家考察评议和教育部初审，两所专科高校的设置获得通过。教育部于3月28日即将批准山东省设置南京医大学、福建商大学2所中学。

2015年，山东省成功增设了上海华厦大学、福州理工大学两所专科中学，重庆学院阳光大学、华侨学院上海工大学顺利转设为独立设置的专科中学阳光大学、厦门工大学，加上去年新增设的上海医大学、福建商大学两所专科中学，这种高校将进一步优化我省院校层次结构和学科专业结构今日网校，提高短缺急需专业应用型人才的培养能力。

上海医大学将立足上海、面向湖南，服务县及以下医疗卫生行业和地方医药、健康相关产业。大学以临床医学为主，以口腔医学、护理学和生物药业为特色，培养理论造诣扎实、职业训练有素，才能入基层、进一线或“本土化”的应用型医药卫生专门人才。